Với mục tiêu tổng quát nhằm thu hẹp khoảng cách chênh lệch giữa các vùng miền; đóng góp tích cực vào phát triển kinh tế - xã hội, nâng cao thu nhập của người dân, đảm bảo an ninh quốc phòng ở miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo, Chương trình có 8 mục tiêu cụ thể, trong đó có các mục tiêu như:
- Phát triển các sản phẩm, hàng hóa có thương hiệu là đặc trưng, đặc sản, tiềm năng, lợi thế của miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo để đưa vào các chợ, siêu thị, trung tâm thương mại trong cả nước và xuất khẩu.
- Số lượng thương nhân, doanh nghiệp có năng lực thuộc mọi thành phần kinh tế tham gia hoạt động thương mại ở tại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo mỗi năm tăng trung bình 8-10% trong giai đoạn 2015 - 2020.
- Phát triển sản phẩm, hàng hóa tại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo đáp ứng tiêu chuẩn, chất lượng tham gia hệ thống phân phối tiêu thụ trên thị trường nội địa và xuất khẩu.

Chương trình sẽ được thực hiện từ năm 2015 đến hết năm 2020 trên phạm vi địa bàn 287 huyện có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn và đặc biệt khó khăn thuộc khu vực miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo của 48/63 địa phương trên cả nước, áp dụng đối với tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp hoạt động thương mại tại khu vực miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài tham gia vào hoạt động quản lý, thực hiện Chương trình phát triển thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo; các cơ sở sản xuất, kinh doanh khác có liên quan.

Nội dung của Chương trình:
1. Nghiên cứu, xây dựng và phát triển hệ thống chính sách, pháp luật đặc thù về phát triển thương mại khu vực biển và hải đảo.
2. Khuyến khích phát triển thương nhân, các loại hình doanh nghiệp hoạt động thương mại tại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.
a) Phát huy các doanh nghiệp do chính cư dân khu vực miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo quản lý và điều hành.
b) Tổ chức trao đổi, học hỏi kinh nghiệm giữa các doanh nghiệp miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo với các thương nhân trong và ngoài nước.
c) Xây dựng và phát triển mối quan hệ, liên kết bạn hàng giữa các thương nhân tại khu vực miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo cũng như với các thương nhân trong và ngoài nước.
d) Đào tạo nguồn nhân lực cho doanh nghiệp hoạt động thương mại tại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.
3. Khuyến khích phát triển mặt hàng là lợi thế phát triển của miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.
4. Xây dựng và phát triển hệ thống dịch vụ thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.
5. Xây dựng và phát triển hoạt động đối với chợ miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo
6. Tăng cường năng lực cho công chức, viên chức của tỉnh, huyện, xã về phát triển thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.
7. Tuyên truyền, quảng bá đối với phát triển thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo.

Các hoạt động khác trong phát triển thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa, biên giới và hải đảo thì áp dụng lồng ghép các quy định hiện hành có liên quan. Cụ thể:
- Hoạt động xúc tiến thương mại: thực hiện theo quy định tại Quyết định số 72/2010/QĐ-TTg ngày 15 tháng 11 năm 2010 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành Quy chế xây dựng, quản lý và thực hiện Chương trình xúc tiến thương mại quốc gia.
- Hoạt động xúc tiến du lịch: thực hiện theo quy định tại Quyết định số 2151/QĐ-TTg ngày 11 tháng 11 năm 2013 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình xúc tiến du lịch quốc gia giai đoạn 2013 - 2020.
- Hoạt động khuyến công: thực hiện theo quy định tại Quyết định số 1288/QĐ-TTg ngày 01 tháng 8 năm 2014 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình khuyến công quốc gia đến năm 2020.
- Phát triển thương mại điện tử: thực hiện theo quy định tại Quyết định số 689/QĐ-TTg ngày 11 tháng 5 năm 2014 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình phát triển thương mại điện tử quốc gia giai đoạn 2014 - 2020.
- Phát triển sản phẩm quốc gia: thực hiện theo quy định tại Quyết định số 2441/QĐ-TTg ngày 31 tháng 12 năm 2010 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Chương trình phát triển sản phẩm quốc gia đến năm 2020.
- Hỗ trợ đăng ký bảo hộ, chỉ dẫn địa lý và tên gọi xuất xứ đối với các hàng hóa đặc trưng, đặc sản, sản vật trên địa bàn miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo: thực hiện theo Quyết định số 2204/QĐ-TTg ngày 06 tháng 12 năm 2010 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Chương trình hỗ trợ phát triển tài sản trí tuệ giai đoạn 2011 - 2015.
- Các hoạt động phát triển thương mại miền núi, vùng sâu, vùng xa và hải đảo thực hiện kế hoạch phối hợp, lồng ghép giữa các Chương trình có chung mục tiêu theo quy định tại Quyết định số 800/QĐ-TTg ngày 04 tháng 6 năm 2010 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình mục tiêu quốc gia về xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2010 - 2020; Quyết định số 1489/QĐ-TTg ngày 08 tháng 10 năm 2012 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững giai đoạn 2012 - 2015 và giai đoạn 2016 - 2020.